El presidente Vladimir Putin ha pedido a todos los empleados de Wagner y otros contratistas militares rusos privados que presten juramento de lealtad al Estado ruso.
El decreto se aplica a cualquiera que participe en actividades militares en Ucrania, ayude al ejército y sirva en unidades de defensa territorial.
El decreto fue firmado el viernes y entrará en vigor de inmediato.
Esto se produce dos días después de que los líderes de Wagner murieran en un accidente aéreo.
En otro acontecimiento, una subunidad de extrema derecha de Wagner, conocida como Rosic, dijo el sábado que había detenido las operaciones militares en Ucrania.
En una publicación en Telegram, Rosich acusó al Ministerio de Asuntos Exteriores ruso de no proteger al miembro fundador del grupo, Jan Petrovski, que ha sido arrestado en Finlandia por violación de visa y se enfrenta a la extradición a Ucrania.
Los analistas señalan que el decreto de Putin es parte de los intentos de reafirmar su autoridad después de la rebelión de Wagner en junio.
Natia Sescoria, del Royal United Services Institute, un grupo de expertos de Londres, dijo a la BBC: «Putin quiere poner un control más estricto sobre Wagner para asegurarse de que no enfrente otra crisis en el futuro».
El decreto se produce cuando los mercenarios de Wagner carecen de un líder claro, después de que un avión que supuestamente transportaba a Yevgeny Prigozhin y otros comandantes se estrellara el miércoles, matando a las 10 personas a bordo.
El decreto, descrito por el decreto como un paso para construir las bases espirituales y morales de la defensa de Rusia, incluye la promesa de seguir estrictamente las órdenes de los comandantes.
«Es un mensaje oculto a la inteligencia militar para encontrar y procesar a los combatientes de Wagner», dijo a la BBC Petro Borkowski, director de la Fundación para Iniciativas Democráticas, un grupo de expertos con sede en Ucrania.
Señala que también es un mensaje claro para los luchadores. «Es una señal para los combatientes de Wagner: o juran y conservan las armas, o se desarman. Obedezcan o irán a la cárcel».
Unas semanas antes del fallido levantamiento de Prigozhin en junio, el Ministerio de Defensa ruso dio a los grupos mercenarios hasta el 1 de julio para firmar contratos con el ejército.
Prigozhin se negó a firmar porque no quería que Wagner trabajara bajo la supervisión del ministerio. Putin respaldó el plan de contratar el ministerio, lo que fue el primer golpe público a su antiguo aliado Prigozhin.
La disputa se intensificó, lo que llevó al intento de rebelión de Prigozhin.
¿Pero qué efecto tendría el decreto sobre los luchadores de Wagner sin un líder claro?
Y el señor Borkovsky cree que, al ser soldados experimentados, son buenos activos para el ejército ruso.
«Eligieron a Wagner porque Wagner les dio un trato especial, sin la burocracia del enorme ejército ruso. Si reciben un trato especial bajo las órdenes de Putin, no creo que les importe dónde luchan y para quién».
Siscoria cree que, aunque el decreto pueda surtir efecto a corto plazo, hay partidarios leales de Prigozhin que no prestarán juramento.
«Esto podría crear problemas a Putin a largo plazo», afirma.
Mientras tanto, las defensas aéreas rusas impidieron ataques con aviones no tripulados en las regiones de Moscú y Belgorod el sábado por la mañana, dijeron funcionarios.
En la región de Belgorod, fronteriza con Ucrania, cuatro personas resultaron heridas en un ataque de artillería, según el gobernador de la región.
El gobierno ucraniano nunca ha admitido públicamente haber llevado a cabo ataques dentro de Rusia.
Y en Ucrania, dos personas murieron y otra resultó herida cuando Rusia bombardeó una aldea ucraniana cerca de la ciudad nororiental de Kobyansk, dijo el gobernador de la región de Kharkiv.
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